基于距离的系统发育重建的序列长度要求：突破多项式障碍
概率论
2011-09-30 v1 计算工程、金融与科学
数据结构与算法
统计理论
种群与进化
定量方法
统计理论
摘要
我们引入了一种新的基于距离的系统发育重建技术，该技术可在足够短的分支长度下，证明能达到多对数序列长度要求——显著改进了此前基于距离方法的多次项式界限。该技术基于一种隐式重建祖先序列的平均化过程。同时，我们将系统发育重建中相变问题的先前结果推广到一般时间可逆模型。更精确地说，我们证明，在所谓的Kesten-Stigum区域（大致是祖先序列可由观测序列的“线性组合”良好近似的参数空间区域），当分支长度离散化时，长度为的序列足以进行重建。这里是现存物种的数量。我们的结果在一定程度上挑战了传统观点，即仅凭进化距离估计所携带的系统发育信息远少于完整序列数据集。
引用
@article{arxiv.0908.2061,
title = {Sequence-Length Requirement of Distance-Based Phylogeny Reconstruction: Breaking the Polynomial Barrier},
author = {Sebastien Roch},
journal= {arXiv preprint arXiv:0908.2061},
year = {2011}
}