谷物准粒子λ突变对Gibbs自由能变化的灵敏度研究
统计力学
2007-05-23 v1 分子网络
摘要
我们研究了谷物准粒子λ中调控蛋白CI(抑制因子)和Cro在右操作子(O_R})上的生产率(活性)的灵敏度。通过扰动DNA结合能来检查由于实验误差导致的活性不确定性，采用一种计算散射方法，即在文献值附近同时随机选择结合能，宽度对应于实验误差。在准粒子正则系中，以随机抽取的蛋白-DNA结合能为输入，我们计算相应的P_RM和P_R活性。通过重复此程序，我们获得的平均值大致对应于野生型(未扰动)活性。从该方案中出现的标准差——即由于实验误差引起的灵敏度的度量——显著(通常相对于野生型活性为20%以上)，但仍然足以使 promoter 活性间的分离足以实现开关可行性。我们还提出了一种新的紧凑方式来呈现抑制因子和Cro数据。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0310656,
title = {Sensitivity of Phage Lambda upon Variations of the Gibbs Free Energy},
author = {Audun Bakk and Ralf Metzler and Kim Sneppen},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0310656},
year = {2007}
}
备注
13 pages, 4 figures, LaTeX