单分子水平的转录因子结合动力学定量研究
定量方法
2015-05-13 v1
摘要
我们使用全内反射荧光显微镜研究了噬菌体lambda阻遏蛋白CI与其靶DNA之间的结合相互作用。当与红色荧光蛋白融合的CI与单独标记的单分子DNA靶标结合和解离时，观察到了其强度的巨大阶跃式变化。随机的结合与解离由泊松统计表征。测量了数千个独立事件的暗间隔和亮间隔。间隔的指数分布允许直接测定结合速率常数和解离速率常数（分别为ka和kd）。我们详细解析了ka和kd如何作为3个控制参数（DNA长度L、CI二聚体浓度和结合亲和力）的函数变化。我们的结果表明，尽管可以观察到与非操作子DNA序列的相互作用，但CI与操作子位点的结合不依赖于侧翼非操作子DNA的长度。
引用
@article{arxiv.0811.3950,
title = {Quantitative transcription factor binding kinetics at the single-molecule level},
author = {Yufang Wang and Ling Guo and Ido Golding and Edward C. Cox and N. P. Ong},
journal= {arXiv preprint arXiv:0811.3950},
year = {2015}
}
备注
34 pages, 10 figures, accepted by Biophysical Journal