DNA结合配体后的柔韧性变化
软凝聚态物质
2017-02-02 v1 生物大分子
摘要
AT和GC碱基对的比例与序列以及DNA骨架上的电荷对DNA的刚度有显著贡献。DNA的这种弹性性质也随小的相互作用配体而改变。单分子力谱技术通过测量与小的配体结合的DNA的机械性质，展示了不同的相互作用模式。当ds-DNA分子在配体存在下被过度拉伸时，它基于外部施加的力、配体的结合模式、配体与DNA的结合常数、配体的浓度以及支撑介质的离子强度，经历一个协同结构转变。这导致与无任何结合配体时的FEC相比，区域发生了变化——高达60 pN区域、协同结构转变区域和过度拉伸区域。协同结构转变通过扩展的可扭转蠕虫状链模型进行研究。此处我们描绘了持久长度和弹性模量常数作为结合常数和结合配体浓度的函数随时间的变化。因此，除了离子强度、相互作用的蛋白质和AT与GC碱基对含量之外，配体结合或嵌入配体是改变DNA刚度的一个重要参数。
引用
@article{arxiv.1702.00203,
title = {Change in flexibility of DNA with binding ligands},
author = {Anurag Singh and Amar Nath Gupta},
journal= {arXiv preprint arXiv:1702.00203},
year = {2017}
}
备注
9 pages