弹性作为 DNA 中变构作用的基础
生物物理
2018-05-15 v1
摘要
DNA 中的变构相互作用对各种生物过程至关重要。这些相互作用通过测量自由能变化作为两个配体结合位点间距离的函数来量化。此处我们表明，配体结合到 DNA 上的相互作用能趋势可在一个弹性双杆模型内解释。该双杆模型考虑了每条链的形变以及由配体结合引起的碱基位置和取向扰动所导致的堆积能变化。配体产生的应变场随距结合位点的距离衰减。两个配体的相互作用能随它们间距呈指数衰减，并以双螺旋的周期性振荡，与实验测量在定量上一致。计算所得相互作用能的趋势类似于单个配体结合所产生的沟宽扰动的趋势，这与分子模拟一致。我们的分析为理解 DNA 中的变构相互作用提供了新框架，并可推广到其他弹性在其生物功能中起作用的杆状大分子。
引用
@article{arxiv.1805.05302,
title = {Elasticity as the basis of allostery in DNA},
author = {Jaspreet Singh and Prashant K. Purohit},
journal= {arXiv preprint arXiv:1805.05302},
year = {2018}
}