从偏振荧光数据计算不同结合模式对奎纳克林-DNA 复合物形成的贡献
生物物理
2015-02-05 v2 生物大分子
摘要
采用吸收光谱和偏振荧光光谱方法研究了吖啶衍生物奎纳克林 (QA) 与鸡红细胞 DNA 的结合。测量在具有不同染料浓度（QA 浓度范围从 10^{-6} 至 10^{-4} M）和离子强度（Na^{+} 浓度范围从 10^{-3} 至 0.15 M）的水性缓冲溶液（pH 6.9）中，在宽范围的磷酸根与染料摩尔比（P/D）下进行。已确定，以相对荧光强度对 P/D 作图绘制的荧光滴定曲线的最小值，是由 QA 与 DNA 的两种具有不同发射参数的结合类型之间的竞争所决定的：(i) 在高 P/D 值下占主导的嵌入结合，以及 (ii) 在低 P/D 值下占主导的外部静电结合，后者伴随着 DNA 骨架上非荧光染料缔合物的形成。确定了所形成复合物的吸收和荧光特性。提出了根据不同 P/D 值计算不同结合模式对复合物形成贡献的方法。研究表明，在静电相互作用情况下，以每个结合的 QA 分子对应的 DNA 碱基对数衡量的结合位点大小，比嵌入结合的小 8 倍，这决定了外部结合相对于更强的嵌入结合模式的竞争能力。
引用
@article{arxiv.1311.6362,
title = {Calculating the contribution of different binding modes to Quinacrine - DNA complex formation from polarized fluorescence data},
author = {Igor Voloshin and Olga Ryazanova and Victor Karachevtsev and Victor Zozulya},
journal= {arXiv preprint arXiv:1311.6362},
year = {2015}
}
备注
10 pages, 7 figures