DNA 序列的两状态区域和熔解叉区域分割
生物大分子
2008-12-17 v2 基因组学
摘要
通过计算工具对 DNA 熔解域的准确预测和表征可能有助于广泛的生物学应用。然而，迄今为止尚无可用于熔解域预测的算法。主要挑战包括将 DNA 熔解域的定性描述数学映射到定量统计力学模型的困难，以及缺乏‘黄金标准’和需要普适性。在本文中，我们引入了一种新方法，用于识别给定 DNA 序列中的两状态区域和熔解叉区域。与我们先前研究中使用的一种 ad hoc 分段方法相比，新算法基于边界概率轮廓，而非标准熔解图。我们演示了使用新方法可获得更详细的 DNA 熔解域图表征，而该方法独立于 DNA 熔解模型的选择。我们期望这项工作能推动对 DNA 熔解域的理解。
引用
@article{arxiv.0806.2059,
title = {Segmentation of DNA sequences into twostate regions and melting fork regions},
author = {Eivind Tøstesen and Geir Kjetil Sandve and Fang Liu and Eivind Hovig},
journal= {arXiv preprint arXiv:0806.2059},
year = {2008}
}
备注
17 pages, 8 figures; new introduction, added refs, minor changes