各向异性在蛋白质-蛋白质相遇中的作用

蛋白质-蛋白质相互作用包括输运和反应两个步骤。在输运步骤中，蛋白质及其复合物的各向异性对于流体动力学扩散和结合位点的可及性都很重要。利用布朗动力学方法和广泛的计算机模拟，我们量化了各向异性对覆盖有球形相遇斑块的椭球粒子相遇速率的影响。我们表明，相遇速率k主要依赖于长宽比ξ的位阻效应，而各向异性扩散的影响很小。通过解析计算三维空间中从各向异性扩散到各向同性扩散的交叉时间，我们发现它们远小于典型的蛋白质相遇时间，这与我们的数值结果一致。