类蛋白质粒子的树莓模型：椭球体与圆柱孔内的限域

通过原子模拟研究蛋白质质量传输所需的时间和长度尺度超出了现代计算机系统的计算能力。胶体粒子的树莓模型（raspberry model）与晶格玻尔兹曼介观流体力学方法相结合，实现了微秒量级和数百纳米量级的粗粒化模拟，用于研究类蛋白胶体粒子的扩散传输。树莓模型复现了运动阻力随粒子尺寸的线性关系的正确性，以及球形粒子在圆柱孔内偏离中心坐标处的增强拖曳。由于许多蛋白质具有高长宽比，构建了椭球树莓胶体粒子，并在实验室坐标系和移动体坐标系中复现了Perrin以及Happel和Brenner的几何阻力因子。利用位移投影，首次捕获了扩散运动过程中精确的体坐标系旋转。