对《大肠杆菌中突变率无基因特异性优化》一文的回应

在发表于《Molecular Biology Evolution》[10] 的一封信中，Chen 和 Zhang 认为我们最近报道 [3] 的大肠杆菌基因组沿程突变率的变化无法在进化上得到优化。为了支持这一主张，他们首先尝试计算局部降低突变率的选择优势，并得出结论认为其强度不足以被选择所青睐。其次，他们分析了来自野生型大肠杆菌 K12 MG1655 菌株的 166 个突变和来自修复缺陷菌株的 1,346 个突变的分布，声称发现转录与突变率之间存在正相关，而非我们报道的负相关。在此，我们要回应这一通讯。简而言之，我们解释了长期的突变修饰等位基因理论如何通过作用于基因组足够大区域的机制支持基因组内局部突变率的进化，这与我们的原始观察结果 [3,4] 一致。随后，我们解释了在比较来自修复缺陷菌株与野生型菌株的突变时必须谨慎，因为不同的突变过程在这些条件下占主导地位。最后，利用替代表达数据集对 Zhang 和 Chen 所使用的数据进行的重新分析表明，他们的结论不可靠。