对水平基因转移的响应或许能解释 theta_s 的变异
种群与进化
2012-11-08 v2
摘要
Maddamsetti 等人提交给 ArXiv 的一篇短文 [1] 中提出，我们最近报道的 [2] 大肠杆菌（Escherichia coli）基因间中性突变率的变异或许可以用水平基因转移（HGT）来解释。为了支持他们的论点，他们重新分析了 10 个大肠杆菌菌株的同义多样性，并分析了一组在长期体外进化实验中发现的修复缺陷菌株中的 1,069 个同义突变。在此，我们对这一通讯作出回应。简而言之，我们解释说，我们的研究通过多种独立的系统发育和群体遗传学方法仔细考量了 HGT，并且我们表明没有新的证据显示 HGT 影响了我们的结果。我们还认为，在比较来自修复缺陷菌株的突变与来自野生型菌株的数据时必须谨慎，因为这些条件受不同的突变过程主导。最后，我们重新分析了 Maddamsetti 收集的来自长期体外实验的突变，并报告了这些修复缺陷菌株中突变率存在非随机变异的初步证据。
引用
@article{arxiv.1211.0928,
title = {Response to Horizontal gene transfer may explain variation in theta_s},
author = {Inigo Martincorena and Nicholas M. Luscombe},
journal= {arXiv preprint arXiv:1211.0928},
year = {2012}
}
备注
Minor formatting change and correction of a typo