对“关于‘代谢网络的调节能力’的评论”的回复
分子网络
2009-11-13 v1 元胞自动机与格子气
摘要
在近期的一篇论文 [C. Marr, M. Mueller-Linow, and M.-T. Huett, Phys. Rev. E 75, 041917 (2007)] 中，我们讨论了与随机化对应物相比，真实代谢网络拓扑结构在调节复杂二元动力学方面的显著潜力。在他们的评论 [P. Holme and M. Huss, arXiv:0705.4084v1] 中，Holme 和 Huss 批评了我们的方法，并采用更真实的动力学重复了我们的研究，其中在成对反应集上实现了程式化的反应动力学。作者发现，从代谢网络重建的反应集与随机化对应物之间没有动力学差异。我们重现了作者的观察结果，并发现他们的算法导致了动力学碎片化，从而消除了图中包含的拓扑信息。因此，他们的方法不能排除代谢网络拓扑结构与稳态普遍性之间存在联系。
引用
@article{arxiv.0709.0823,
title = {Reply to ''Comment on 'Regularizing Capacity of Metabolic Networks' ''},
author = {Carsten Marr and Mark Mueller-Linow and Marc-Thorsten Huett},
journal= {arXiv preprint arXiv:0709.0823},
year = {2009}
}
备注
2 pages, 2 figures