范德华半径空间中的副本交换方法：克服生物分子的位阻限制
统计力学
2015-05-14 v1
摘要
我们提出了一种新型的哈密顿量副本交换方法，其中交换的不是温度，而是范德华半径参数。通过减小控制原子空间大小的范德华半径，这种哈密顿量副本交换方法克服了位阻限制和能量势垒。此外，基于该方法的模拟能够逃离局部最小自由能状态，并在构象空间中实现有效采样。我们将该方法应用于水溶液中的丙氨酸二肽，并通过与常规正则方法的结果进行比较，展示了该方法的有效性。
引用
@article{arxiv.0911.1011,
title = {Replica-Exchange Method in van der Waals Radius Space: Overcoming Steric Restrictions for Biomolecules},
author = {Satoru G. Itoh and Hisashi Okumura and Yuko Okamoto},
journal= {arXiv preprint arXiv:0911.1011},
year = {2015}
}
备注
14 pages, (Revtex4), 11 figures