GROMACS 中的哈密顿量副本交换：一种灵活的实现
计算物理
2014-09-30 v1 统计力学
生物物理
化学物理
摘要
本文提出了一种针对流行分子动力学软件 GROMACS 的简单且通用的哈密顿量副本交换（Hamiltonian replica exchange）实现方案。在该实现中，不同的副本可以使用任意不同的哈密顿量，而不会造成显著的性能损失。该方案在一个简单的玩具模型（水中的丙氨酸二肽）上进行了验证，并应用于研究 RNA 四环的重排，在此过程中用于比较近期提出的力场修正方案。
引用
@article{arxiv.1307.5144,
title = {Hamiltonian replica-exchange in GROMACS: a flexible implementation},
author = {Giovanni Bussi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.5144},
year = {2014}
}
备注
To appear on Molecular Physics