基于 GROMACS 实现二聚体元动力学
化学物理
2021-01-14 v1
摘要
我们开发了 Dimer Metadynamics[JCTC 13, 425 (2017)] 的 Gromacs 实现，以通过人工离域效应进行增强采样。该实现完全基于为此目的开发的 Plumed 集体变量、Gromacs 输入参数的精细调节、修正的力场以及自定义非键相互作用。我们在真空和水中的丙氨酸二肽，以及水中的 12 残基丙氨酸多肽上展示了该实现，并将结果与并行回火等标准多副本技术进行比较。在所有考虑的情形中，该比较一致，且 Dimer Metadynamics 的结果更平滑并需要更短的模拟，从而证明了该 Gromacs 实现的一致性与有效性。
引用
@article{arxiv.2101.05074,
title = {Implementing Dimer Metadynamics using GROMACS},
author = {M Nava},
journal= {arXiv preprint arXiv:2101.05074},
year = {2021}
}