使用 GROMACS 进行蛋白质分子动力学模拟的性能分析

计算机技术在化学领域的发展带来了许多化学应用。不仅包括可视化分子结构的应用，还包括分子动力学模拟。其中之一是 Gromacs。Gromacs 是由格罗宁根大学开发的分子动力学应用的一个例子。该应用是非商业性的，并且能够在 Linux 操作系统上运行。Gromacs 的主要能力是进行分子动力学模拟和能量最小化。在本文中，作者讨论了如何在某些蛋白质的分子动力学模拟中使用 Gromacs。在分子动力学模拟中，Gromacs 并非独立工作。Gromacs 与 Pymol 和 Grace 交互。Pymol 是一个可视化分子结构的应用，Grace 是 Linux 中用于显示图形的应用。这两个应用将支持分子动力学模拟的分析。