更高的性价比：GROMACS 2018 中 GPU 节点的改进使用
分布式、并行与集群计算
2022-05-16 v2 性能
生物物理
计算物理
生物大分子
摘要
我们确定了在 Linux 计算集群上利用 GROMACS 2018 模拟软件包生成分子动力学轨迹的最优硬件。为此，我们在多种不同的计算节点上基准测试了 GROMACS 的性能，并将其与节点成本（可能包含其能源与冷却的终身成本）相关联。与我们早先使用 2014 年硬件上 GROMACS 4.6 的调查一致，消费级 GPU 节点的性价比显著高于 CPU 节点。然而，对于 GROMACS 2018，CPU 与 GPU 处理能力的 optimal 平衡进一步向 GPU 倾斜。因此，为 GROMACS 2018 及以后版本优化的节点可实现比旧版 GROMACS 优化节点显著更高的性价比。此外，向 GPU 处理的转变使得用近期 GPU 廉价升级旧节点成为可能，其性能基本与同类全新硬件相当。
引用
@article{arxiv.1903.05918,
title = {More Bang for Your Buck: Improved use of GPU Nodes for GROMACS 2018},
author = {Carsten Kutzner and Szilárd Páll and Martin Fechner and Ansgar Esztermann and Bert L. de Groot and Helmut Grubmüller},
journal= {arXiv preprint arXiv:1903.05918},
year = {2022}
}
备注
41 pages, 13 figures, 4 tables. This updated version includes the following improvements: - most notably, added benchmarks for two coarse grain MARTINI systems VES and BIG, resulting in a new Figure 13 - fixed typos - made text clearer in some places - added two more benchmarks for MEM and RIB systems (E3-1240v6 + RTX 2080 / 2080Ti)