蛋白质折叠中相同势能的两个不同实例之间的相关距离
生物大分子
2007-12-19 v4 软凝聚态物质
摘要
在复杂系统，特别是蛋白质折叠的背景下，我们定义了一个具有物理意义的距离，它允许对当使用同一势能函数的两个不同实例时能量差异如何被修改做出有用的统计陈述。当这两个实例源于使用了不同的算法或不同的近似时，此处定义的距离可用于评估两种方法的相对准确性。当差异是由于势能所依赖的自由参数发生变化时，该距离可用于量化在参数空间的每个区域中，建模对此类变化的稳健性，而这反过来可用于评估参数拟合的重要性。这两种情况都用实际例子加以说明：Trp-Cage蛋白（PDB代码1L2Y）中基于泊松的溶剂化能的研究。
引用
@article{arxiv.q-bio/0409031,
title = {Relevant distance between two different instances of the same potential energy in protein folding},
author = {Jose Luis Alonso and Pablo Echenique},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0409031},
year = {2007}
}
备注
20 pages, 6 figures, LaTeX file, elsart style. v1: Aknowledgments modified. v2: y-values of fig. 5 and 6 corrected. v3: Journal-ref added, aknowledgements modified and fig. 1 and 2 corrected