精炼 $r$-index
数据结构与算法
2019-07-05 v6
摘要
Gagie、Navarro 和 Prezza 的 -index（SODA, 2018）有望通过允许我们索引整个基因组数据库来加速 DNA 比对与变异检测，前提是某些障碍能够被克服。在本文中，我们首先加强并简化了 Policriti 和 Prezza 的 Toehold 引理（DCC '16; Algorithmica, 2017），该引理启发了 -index 并在其实现中起着重要作用。然后我们展示如何在向数据库添加新基因组后高效更新 -index，这在实际中可能是至关重要的。作为该结果的一个副产品，我们获得了 Policriti 和 Prezza 从游程长度压缩 Burrows-Wheeler 变换构造 LZ77 解析的算法的在线版本。我们的实验证明了这三项结果的实际可行性。最后，我们展示如何增强 -index，使得给定新基因组和对数据库的快速随机访问时，我们可以快速计算新基因组相对于数据库的匹配统计与最大精确匹配。
引用
@article{arxiv.1802.05906,
title = {Refining the $r$-index},
author = {Hideo Bannai and Travis Gagie and Tomohiro I},
journal= {arXiv preprint arXiv:1802.05906},
year = {2019}
}
备注
An extended version of the paper presented at CPM 2018 under the title "Online LZ77 parsing and matching statistics with RLBWTs"