利用 $r$-index 将读段比对到多个基因组
数据结构与算法
2019-08-06 v1 基因组学
摘要
-index 是一种用于对基因组数据库进行压缩索引以实现精确模式匹配的工具，可用于完全比对那些与数据库中某基因组某部分完美匹配的读段，或为不完全匹配的读段寻找种子。本文展示了如何下载和安装 ri-buildfasta 与 ri-align 程序；如何在 FASTA 文件上调用 ri-buildfasta 为该文件构建 -index；以及如何用 ri-align 查询该索引。可用性：这些程序的源代码以 GPLv3 许可发布，可在 https://github.com/alshai/r-index 获取。
引用
@article{arxiv.1908.01263,
title = {Matching reads to many genomes with the $r$-index},
author = {Taher Mun and Alan Kuhnle and Christina Boucher and Travis Gagie and Ben Langmead and Giovanni Manzini},
journal= {arXiv preprint arXiv:1908.01263},
year = {2019}
}