RLZ-r 与 LZ-End-r：增强 Move-r

Patrick Dinklage; Johannes Fischer; Lukas Nalbach; Jan Zumbrink

RLZ-r 与 LZ-End-r：增强 Move-r

数据结构与算法 2025-07-29 v2

作者: Patrick Dinklage , Johannes Fischer , Lukas Nalbach , Jan Zumbrink

摘要

在字符串模式匹配中，locate 查询要求返回给定文本中给定模式的所有出现位置。r-index [Gagie 等，2018] 是一种最近提出的压缩自索引，存储文本及辅助信息于压缩空间。通过一些修改，locate 查询可在最优时间内回答 [Nishimoto & Tabei，2021]，此种做法近期被证明在实际中与 Move-r [Bertram 等，2024] 相关。然而，评估每个出现位置的函数 $\Phi$ 以报告结果仍是实际瓶颈。这激励通过压缩后缀数组的压缩表示来增强索引，其中具有高效随机访问功能，以换取更快的 locate 查询响应速度 [Puglisi & Zhukova，2021]。本文在此思路基础上考虑两种合适的压缩方案：相对 Lempel-Ziv [Kuruppu 等，2010]，改进了 Puglisi 和 Zhukova 的工作；以及 LZ-End [Kreft & Navarro，2010]，采用不同的权衡方式，其中压缩性优于相对 Lempel-Ziv，但访问速度较慢。我们通过压缩后缀数组增强了 r-index 和 Move-r，并评估了 locate 查询性能。我们表明，在两种 r-index 和 Move-r 中，locate 查询的性能显著提升，尤其是当查询模式具有大量出现位置时。两种不同压缩方案的选择提供了关于索引大小与查询性能之间新型权衡。

关键词

压缩索引后缀数组 locate 查询 R-index Move-r

引用

@article{arxiv.2507.17300,
  title  = {RLZ-r and LZ-End-r: Enhancing Move-r},
  author = {Patrick Dinklage and Johannes Fischer and Lukas Nalbach and Jan Zumbrink},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2507.17300},
  year   = {2025}
}

备注

full version of SPIRE 2025 conference paper

RLZ-r 与 LZ-End-r：增强 Move-r

摘要

关键词

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