调和细菌转录的动力学与平衡模型
亚细胞过程
2021-06-09 v1 分子网络
摘要
转录研究仍然是现代生物学的核心之一，其影响遍及从发育到代谢、从进化到疾病的各个领域。使用包括荧光和测序读数在内的多种技术进行的精确测量，提高了对转录调控进行定量理解的标准。特别是，我们对最简单基因电路的理解在实验和理论上都已足够精细，以至于可以仔细区分关于该调控系统如何运作的不同概念图景。这种调控基序最初由 Jacob 和 Monod 在 20 世纪 60 年代提出，由一个单一的转录抑制子结合到启动子位点并抑制转录组成。我们展示了如何利用基于平衡和动力学思想的七种不同模型，来推导这种所谓的简单抑制基序的预测基因表达水平，并揭示了平衡模型过去常常令人惊讶的成功之处。然后，我们调用这些不同的模型来面对关于均值、方差和完整基因表达分布的各种数据，说明了这些模型在多大程度上可以被区分或不能被区分，并指出一个具有爆发大小分布的两状态模型是描述简单抑制基序的七种模型中最有效的一个。
引用
@article{arxiv.2006.07772,
title = {Reconciling Kinetic and Equilibrium Models of Bacterial Transcription},
author = {Muir J. Morrison and Manuel Razo-Mejia and Rob Phillips},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.07772},
year = {2021}
}
备注
4 figures