吡喃糖折叠自由能的组合元动力学-伞形采样研究
化学物理
2010-01-21 v1 生物物理
摘要
我们展示了使用gromos 45a4力场描述的吡喃糖折叠构象的组合元动力学-伞形采样研究结果。计算了整个α和β醛己糖系列的Cremer-Pople折叠坐标的自由能景观。我们发现，对于许多被检测的单糖，45a4力场参数未能正确再现椅式构象之间的自由能差异。在极端情况下，如半乳糖、甘露糖和阿洛糖，实验上无法检测到的反向椅式构象甚至变得显著占据。在艾杜糖的情况下观察到相反的行为，它是唯一已知的实验上显示椅式和反向椅式之间平衡的醛己糖。我们建议对gromos 45a4参数集进行修改，这显著提高了模拟结果与折叠自由能的理论和实验估计的一致性。
引用
@article{arxiv.1001.3667,
title = {Puckering Free Energy of Pyranoses Using a Combined Metadynamics-Umbrella Sampling Approach},
author = {E. Autieri and M. Sega and F. Pederiva},
journal= {arXiv preprint arXiv:1001.3667},
year = {2010}
}