关于褶皱自由能表面的计算
化学物理
2015-05-13 v1 生物物理
摘要
Cremer-Pople褶皱坐标似乎是探索环状化合物构象空间的自然候选变量，文献中已使用不同的参数化来实现这一目的。然而，虽然每种参数化在识别构象方面是等价的，但它们是否也能作为探索褶皱构象自由能表面的合适集体变量并不明显。结果表明，只有极坐标参数化适合产生自由能景观的无偏估计。以六元环葡萄糖醛酸为例，展示了使用错误参数化时产生的伪影。
引用
@article{arxiv.0904.1473,
title = {On the Calculation of Puckering Free Energy Surfaces},
author = {Marcello Sega and Emmanuel Autieri and Francesco Pederiva},
journal= {arXiv preprint arXiv:0904.1473},
year = {2015}
}
备注
14 pages, 4 figures, REVTeX4, submitted to J. Chem. Phys