通过复制交换模拟预测跨膜螺旋构象
统计力学
2009-11-10 v1 生物大分子
摘要
我们提出了一种通过计算机模拟预测螺旋状膜蛋白结构的方法.该方法包含两个部分.第一部分,从现有的WWW服务器中获取跨膜螺旋区域的氨基酸序列.第二部分,对这些跨膜螺旋进行带约束的复制交换模拟,并识别全局最小能量状态作为预测结构.我们使用单聚合物 A 蛋白的二聚体跨膜域测试了该方法.通过预测得到的结构与实验数据高度吻合.
引用
@article{arxiv.cond-mat/0309338,
title = {Prediction of transmembrane helix configurations by replica-exchange simulations},
author = {Hironori Kokubo and Yuko Okamoto},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0309338},
year = {2009}
}
备注
12 pages, 4 figures, (LaTeX)