基于 SwissProt 数据库统计分析预测蛋白质跨膜片段的新方法：PRED-TMR 算法
定量方法
2016-05-10 v2
摘要
我们提出了一种新方法，该方法仅利用序列本身包含的信息来预测蛋白质中的跨膜结构域。所描述的 PRED-TMR 算法通过检测跨膜区域的潜在末端（“边缘”、起点和终点）来改进标准的疏水性分析。这使得既可以丢弃未被清晰起点和终点构型界定的高疏水区域，也可以确认那些无法通过其疏水组成区分的假定跨膜片段。在包含 101 个具有可靠拓扑结构的非同源跨膜蛋白的测试集上获得的准确性与其它流行的现有方法相当。当将该算法应用于 SwissProt 数据库（第 35 版）中的所有跨膜蛋白时，仅观察到预测准确性略有下降。运行 PRED-TMR 算法的 WWW 服务器可在 http://o2.db.uoa.gr/PRED-TMR/ 获取。
引用
@article{arxiv.0902.3133,
title = {A novel method for predicting transmembrane segments in proteins based on a statistical analysis of the SwissProt database: the PRED-TMR algorithm},
author = {Claude Pasquier and Vasilis Promponas and Giorgos Palaios and Ioannis Hamodrakas and Stavros Hamodrakas},
journal= {arXiv preprint arXiv:0902.3133},
year = {2016}
}