遗传交叉与副本交换方法相结合用于蛋白质体系构象搜索

Yoshitake Sakae; Tomoyuki Hiroyasu; Mitsunori Miki; Katsuya Ishii; Yuko Okamoto

遗传交叉与副本交换方法相结合用于蛋白质体系构象搜索

生物大分子 2015-05-25 v1 统计力学生物物理

作者: Yoshitake Sakae , Tomoyuki Hiroyasu , Mitsunori Miki , Katsuya Ishii , Yuko Okamoto

摘要

我们在并行分子动力学模拟中结合了作为遗传算法操作之一的遗传交叉与副本交换方法。遗传交叉与副本交换方法可通过在蛋白质的一对构象之间交换相应部分来搜索全局构象空间。在本研究中，我们将该方法应用于具有20个氨基酸残基的 $\alpha$ -螺旋蛋白Trp-cage迷你蛋白。模拟得到的构象与实验结果吻合良好。

关键词

遗传交叉副本交换方法分子动力学构象搜索蛋白质 Trp-cage迷你蛋白 α-螺旋蛋白

引用

@article{arxiv.1505.05874,
  title  = {Combination of genetic crossover and replica-exchange method for conformational search of protein systems},
  author = {Yoshitake Sakae and Tomoyuki Hiroyasu and Mitsunori Miki and Katsuya Ishii and Yuko Okamoto},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1505.05874},
  year   = {2015}
}

备注

5 pages, 3 figures, Molecular Simulation 41 (2015), in press (the title is changed). arXiv admin note: substantial text overlap with arXiv:1505.05709

遗传交叉与副本交换方法相结合用于蛋白质体系构象搜索

摘要

关键词

引用

备注

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