从序列数据预测乙型流感疫苗有效性

流感是一种传染性呼吸道疾病，会导致显著的人类发病率和死亡率，在典型的流行季节中影响 5-15% 的人口。人类流感流行由 A 型和 B 型引起，其中大约 25% 的人类病例由乙型流感引起。乙型流感是一种具有高突变率的单链 RNA 病毒，既往免疫史和疫苗接种都对病毒的进化施加了巨大压力。由于病毒进化速率高，年度流感疫苗中的乙型流感疫苗组分不断更新，近年来大约每隔一年更新一次。为了预测何时需要更新疫苗，需要估计针对一系列病毒株的预期疫苗有效性。我们在此引入一种方法来测量乙型流感疫苗与流行病毒株之间的抗原距离。该测量值与 1979 年至 2014 年间年度流感疫苗中乙型流感组分在人体中的有效性具有良好的相关性。我们讨论了这种抗原距离测量方法如何应用于年度流感疫苗设计和疫苗有效性预测的背景中。