低维聚类检测初现的主导流感毒株簇
种群与进化
2012-05-01 v1
摘要
流感一直在人类群体中传播，并在上个世纪引发了三次大流行（1918 年 H1N1、1957 年 H2N2、1968 年 H3N2）。2009 年 A(H1N1) 被世界卫生组织 (WHO) 列为第四次大流行。流感具有高进化率，这使得疫苗设计极具挑战性。我们在此提出一种早期检测新主导毒株的方法。通过对 2009 年 A(H1N1) 序列数据进行聚类，我们发现了两个主要簇。随后，我们定义了一个度量标准来检测主导毒株的出现。我们在历史 H3N2 数据上表明，该方法能够在某个初现的主导毒株成为主导之前识别出围绕该毒株的簇。例如，截至 2009 年 3 月 30 日的 H3N2 数据，该方法检测到了新毒株 A/British Columbia/RV1222/2009 的簇。该毒株检测工具似乎可用于年度流感疫苗的选择。
引用
@article{arxiv.1204.6313,
title = {Low-dimensional clustering detects incipient dominant influenza strain clusters},
author = {Jiankui He and Michael W. Deem},
journal= {arXiv preprint arXiv:1204.6313},
year = {2012}
}
备注
50 pages, 6 figures, 1 table, supplement