甲型流感病毒逃逸策略中的动力学相关性
种群与进化
2016-11-30 v1
摘要
人类甲型流感病毒的进化动力学提出了一个具有挑战性的理论问题。极高的突变率使得病毒在每个流行季节都能逃避由先前感染引发的宿主免疫保护。与此同时，在每个特定的流行季节，观察到的却是单一的准种，即一组密切相关的毒株。遗传距离（即在序列水平上）与抗原距离（即与宿主免疫反应相关）之间的非平凡关系可以揭示这一谜题。在本文中，我们引入了一种模型，其中根据实验观察，基于点突变空间相关性的简单相互作用规则动态地定义了序列空间中的免疫空间。我们研究了该空间的静态和动态结构，并讨论了它如何影响病毒 - 宿主相互作用的动力学。有趣的是，我们观察到病毒进化中存在交错的时间结构，这与真实的流感进化动力学一致。
引用
@article{arxiv.1305.3418,
title = {Dynamical correlations in the escape strategy of Influenza A virus},
author = {Lorenzo Taggi and Francesca Colaiori and Vittorio Loreto and Francesca Tria},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.3418},
year = {2016}
}
备注
14 pages, 5 figures; main paper for the supplementary info in arXiv:1303.5953