单分子 FRET 测量的精密度与准确度——一项全球基准研究
定量方法
2022-03-10 v2 生物物理
摘要
单分子 Förster 共振能量转移（smFRET）正越来越多地被用于确定体外和体内生物分子的距离、结构和动力学。然而，目前缺乏确保测量 FRET 效率的可重复性和准确性的通用方案与 FRET 标准。在此，我们报告了一项全球性、比较性盲法研究的结果，其中 20 个实验室测定了几种染料标记 DNA 双链的 FRET 效率。使用一种统一且简便的方法，我们表明 FRET 效率的获取标准差在 E = +-0.02 和 +-0.05 之间。我们进一步提出了一种将 FRET 效率转化为准确距离的实验与计算程序。我们讨论了实验和建模中潜在的不确定性。我们对基于强度的 smFRET 测量和校正程序进行了广泛的定量评估，这是迈向距离网络验证的重要一步，其最终目标是存档通过基于 smFRET 的混合方法获得的生物分子系统的可靠结构模型。
引用
@article{arxiv.1710.03807,
title = {Precision and accuracy of single-molecule FRET measurements - a worldwide benchmark study},
author = {Björn Hellenkamp and Sonja Schmid and Olga Doroshenko and Oleg Opanasyuk and Ralf Kühnemuth and Soheila Rezaei Adariani and Anders Barth and Victoria Birkedal and Mark E. Bowen and Hongtao Chen and Thorben Cordes and Tobias Eilert and Carel Fijen and Markus Götz and Giorgos Gouridis and Enrico Gratton and Taekjip Ha and Christian A. Hanke and Andreas Hartmann and Jelle Hendrix and Lasse L. Hildebrandt and Johannes Hohlbein and Christian G. Hübner and Eleni Kallis and Achillefs N. Kapanidis and Jae-Yeol Kim and Georg Krainer and Don C. Lamb and Nam Ki Lee and Edward A. Lemke and Brié Levesque and Marcia Levitus and James J. McCann and Nikolaus Naredi-Rainer and Daniel Nettels and Thuy Ngo and Ruoyi Qiu and Carlheinz Röcker and Hugo Sanabria and Michael Schlierf and Benjamin Schuler and Henning Seidel and Lisa Streit and Philip Tinnefeld and Swati Tyagi and Niels Vandenberk and Keith R. Weninger and Bettina Wünsch and Inna S. Yanez-Orozco and Jens Michaelis and Claus A. M. Seidel and Timothy D. Craggs and Thorsten Hugel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.03807},
year = {2022}
}
备注
27 pages, 5 figures, supplementary material, corrections: p20 last sentence; eqn. 13 & 14