高效利用单分子时间轨迹解析动力学速率、模型与不确定性
定量方法
2018-01-17 v1 生物大分子
摘要
单分子时间轨迹揭示了未同步动力学系统的时间演化。特别是单分子Förster共振能量转移（smFRET）提供了酶重要时间尺度，结合分子距离分辨率和样品的最小干扰。然而smFRET时间轨迹的动力学分析因实验缺陷（如光漂白和噪声）而复杂化。在此我们回顾使经典的基于驻留时间的动力学分析不合适单分子荧光的基本极限。相反，我们的复杂动力学序列单分子分析（SMACKS）考虑每个数据点，并将许多短轨迹的信息结合到一个全局动力学速率模型中。我们通过解析伴侣蛋白Hsp90中由不同离子强度引起的微小动力学效应来展示SMACKS的潜力。这些结果显示了Hsp90中构象动力学与ATP酶活力之间的意外相互关联。
引用
@article{arxiv.1709.08270,
title = {Efficient use of single molecule time traces to resolve kinetic rates, models and uncertainties},
author = {Sonja Schmid and Thorsten Hugel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1709.08270},
year = {2018}
}
备注
17 pages, 6 figures