适用于实验的均衡与非均衡单分子数据动力学分析
定量方法
2022-03-10 v1 生物大分子
摘要
我们提出了一种简单且稳健的技术，用于从单分子时间轨迹中提取动力学速率模型和热力学量。SMACKS（复杂动力学序列的单分子分析）是一种最大似然方法，对长轨迹和一组短轨迹同样适用。它解析所有统计相关的速率及其不确定性。这是通过基于完整数据集优化一个全局动力学模型，同时允许单个轨迹之间的实验差异来实现的。特别地，既不需要先验模型，也不需假设平衡。SMACKS的能力通过对多结构域蛋白Hsp90的动力学得以展示，该动力学由smFRET（单分子Förster共振能量转移）测量。对非平衡和平衡下的实验进行了分析并与模拟比较，从而揭示了Hsp90的ATPase功能的作用。SMACKS将单分子动力学的边界远远推至当前方法之外。
引用
@article{arxiv.1605.08612,
title = {Experiment-friendly kinetic analysis of single molecule data in and out of equilibrium},
author = {Sonja Schmid and Markus Götz and Thorsten Hugel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1605.08612},
year = {2022}
}
备注
11 pages, 8 figures