Poisson-Tweedie混合效应模型:一种用于纵向RNA-seq数据分析的灵活方法
统计方法学
2020-08-27 v2 应用统计
统计计算
摘要
我们提出了一种针对纵向计数数据的新建模方法,其动机源于纵向RNA测序实验的日益普及。RNA-seq计数的分布通常表现出过离散、零膨胀和重尾现象;此外,在纵向设计中,同一受试者的重复测量通常(正)相关。我们提出了一种基于Poisson-Tweedie分布的广义线性混合模型,该模型可灵活处理上述纵向过离散计数的各个特征。我们开发了一种计算方法,以精确评估所提模型的似然并执行极大似然估计。我们的方法在R包ptmixed中实现,可从CRAN免费下载。我们在模拟数据上评估了ptmixed的性能,并展示了一个基于健康与营养不良小鼠的纵向RNA测序测量数据集的应用。Poisson-Tweedie混合效应模型的适用性不限于纵向RNA-seq数据,而是扩展到任何可获得离散过离散响应变量的非独立测量的场景。
引用
@article{arxiv.2004.11193,
title = {Poisson-Tweedie mixed-effects model: a flexible approach for the analysis of longitudinal RNA-seq data},
author = {Mirko Signorelli and Pietro Spitali and Roula Tsonaka},
journal= {arXiv preprint arXiv:2004.11193},
year = {2020}
}
备注
The final (published) version of the article can be downloaded for free (Open Access) from the editor's website (click on the DOI link below). Link to the R package ptmixed: https://cran.r-project.org/web/packages/ptmixed/index.html