利用 RNA-Seq 数据稳健估计异构体表达量
应用统计
2014-10-27 v1
摘要
鉴定基因和异构体表达量是 RNA-Seq 实验的主要任务之一。给定代表映射到异构体不同位置（外显子和连接处）的读段计数的序列，已有基于具有恒等链接函数的泊松广义线性模型 (GLM) 的方法被提出，用于从这些计数中估计异构体表达水平。这些基于泊松的模型在处理由各种来源引起的计数过离散方面能力非常有限，且其中一些对异常值不稳健。我们提出了一种具有恒等链接函数的基于负二项分布的 GLM，并使用一组稳健化的准似然方程使其能够抵抗异常值。我们确定了一种高效可靠的数值算法来求解这些方程。在模拟中，我们发现我们的方法似乎优于现有方法。我们也在真实 RNA-Seq 数据中发现了支持这一结论的证据。
引用
@article{arxiv.1410.6560,
title = {Robust estimation of isoform expression with RNA-Seq data},
author = {Jun Li and Hui Jiang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1410.6560},
year = {2014}
}