MSIQ：用于准确 isoform 定量的多重 RNA-seq 样本联合建模
应用统计
2021-12-01 v3 基因组学
定量方法
摘要
新一代 RNA 测序（RNA-seq）技术已广泛用于对全长 RNA isoform 丰度进行高通量评估。RNA-seq 数据可揭示基因表达水平和转录组结构，使我们能更好地理解基因表达调控和基本生物学过程。由于测序实验中的信息丢失，从 RNA-seq 数据准确进行 isoform 定量具有挑战性。近期从相同组织或细胞类型积累的多个 RNA-seq 数据集为提高 isoform 定量准确性提供了新机遇。然而，现有的针对多重 RNA-seq 样本的统计或计算方法在估计 isoform 丰度时，要么将样本合并为一个样本，要么对样本赋予相等权重。这些方法忽略了不同样本质量可能存在的异质性，可能导致有偏且不稳健的估计。在本文中，我们开发了一种称为“用于准确 isoform 定量的多重 RNA-seq 样本联合建模”（MSIQ）的方法，通过在贝叶斯框架下整合多个 RNA-seq 样本，实现更准确和稳健的 isoform 定量。我们的方法旨在（1）识别出具有同质质量的一致样本组；（2）通过对多重 RNA-seq 样本进行联合建模，并对一致组赋予更高权重，从而提高 isoform 定量准确性。我们证明 MSIQ 提供了 isoform 丰度的一致估计量，并通过针对 D. melanogaster 基因的模拟研究展示了 MSIQ 相较于替代方法的准确性和有效性。我们利用来自人胚胎干细胞、脑组织和 HepG2 永生化细胞系的真实 RNA-seq 数据的应用研究，证实了 MSIQ 优于现有方法的优势。
引用
@article{arxiv.1603.05915,
title = {MSIQ: Joint Modeling of Multiple RNA-seq Samples for Accurate Isoform Quantification},
author = {Wei Vivian Li and Anqi Zhao and Shihua Zhang and Jingyi Jessica Li},
journal= {arXiv preprint arXiv:1603.05915},
year = {2021}
}