系统发育网络构成部分树

许多进化生物学家面临的一个当代且根本的问题是，如何将一组部分树（叶节点由物种或更一般地由分类单元进行双射标记的叶标记树，每棵树例如由一个基因支持）$\mathcal P$ 拼凑成一个能够展示 $\mathcal P$ 中所有树的总体父代结构。这一本就困难的问题因 $\mathcal P$ 中的树经常支持相互冲突的系统发育关系，且并非基于相同的分类单元集而仅基于重叠的分类单元集这一事实而变得复杂。因此，对所寻求的父代结构的一个理想要求是它能够容纳观测到的冲突。系统发育网络是一种能够精确做到这一点的流行工具。然而，关于如何从部分树构建此类网络知之甚少，显著的例外是 $Z$-闭包超网络方法和最近引入的 $Q$-插补方法。在此，我们提出使用闭包规则来获得此类网络。特别是，我们引入了新的 $Y$-闭包规则，并表明该规则单独或与 Meacham 的闭包规则之一（我们称之为 $M$-规则）结合使用时，具有一些非常理想的理论性质。此外，我们利用 $M$-规则和 $Y$-规则探讨了 Rivera 等人提出的“生命之环”对底层系统发育树均基于同一数据集这一事实的依赖性。我们的分析最终呈现了一组诱导子树，从中可以重构该环。