PDB_Amyloid：基于 PDB 的扩展实时淀粉样蛋白结构列表
生物大分子
2018-05-28 v2
摘要
蛋白质数据银行（PDB）如今包含超过 135000 个条目。其中，相对少量的淀粉样结构可被识别，因为淀粉样蛋白不溶于水。因此，主要沉积在 PDB 中的是固态 NMR 记录的淀粉样结构。基于对这些沉积结构的几何分析，我们制备了一个自动更新的网络服务器，它生成已沉积淀粉样结构的列表，以及那些具有给定大小和特征的淀粉样样子结构的球状蛋白条目。我们发现，仅应用适当选择的几何条件，就可以识别已沉积的淀粉样结构，以及若干具有淀粉样样子结构的球状蛋白。我们分析了这些球状蛋白，发现其中许多已知比许多其他球状蛋白更容易形成淀粉样蛋白。我们的结果关联到 Stankovic, I. 等人（2017）的方法：Construction of Amyloid PDB Files Database. Transactions on Internet Research. 13 (1): 47-51，他们应用了混合文本搜索与几何方法来在 PDB 中寻找淀粉样蛋白。如果有人打算为某些应用识别 PDB 的一个子集，识别算法需要定期重新运行，因为在 2017 年，平均每日有 30 个新条目存入该数据库。我们的网络服务器定期自动更新，且识别出的淀粉样及部分淀粉样结构可在 https://pitgroup.org/amyloid 站点查看或下载其列表。
引用
@article{arxiv.1805.09758,
title = {PDB_Amyloid: The Extended Live Amyloid Structure List from the PDB},
author = {Kristof Takacs and Balint Varga and Vince Grolmusz},
journal= {arXiv preprint arXiv:1805.09758},
year = {2018}
}