蛋白质慢正常模式在不同平台间被精确复现

蛋白质数据库（PDB）包含超过 10^5 个分辨率优于 2.8Å 的生物大分子原子结构。列出每个大分子所含原子的身份与坐标，使得分析这些大系统在微小扰动下的慢时间振动响应成为可能。单个振荡模式的 3D 视频动画展示了区域如何交错以产生 cohesive 的集体运动，为整体 3D 架构提供了全面框架与认知。此外，最软、最慢形变坐标的隔离与表示，为酶功能的力学模型开发提供了机会。因此，特征向量分解必须准确、可靠且快速，以便普遍报告。我们使用仅重原子、部分或完全约化原子集；笛卡尔或内部坐标；由完整笛卡尔势、约化原子势或高斯距离依赖势导出的原子间力场；以及独立开发的软件，获得了一个 1.2Å、34kDa PDB 条目的本征模式。这些不同技术的相似之处在于，各自或通过采用冻结键长和键角的二面体自由度，或通过采用包含真实键长和角约束的完整原子势，来维持恰当的立体化学。我们发现最慢特征向量的形状几乎相同，而非仅仅相似。