蛋白质三维结构简化表示的可视化及分子内与分子间相互作用同步显示
生物大分子
2016-02-29 v1
摘要
蛋白质结构表示是结构生物学中的重要工具。存在不同的蛋白质三维结构表示方法，不同的生物学家根据所需信息偏好不同方法。目前尚无一种蛋白质三维结构表示方法能够同时从蛋白质序列中捕获足够的化学信息并清晰显示分子内和分子间氢键与范德华相互作用。本项目旨在简化蛋白质的3D结构，并显示该简化表示以及分子间与分子内氢键和范德华相互作用。简化蛋白质表示相比全原子表示具有显著更少的原子数（即原子坐标数量）。本工作中，我们将蛋白质结构从“全原子表示”(AAR)转换为双中心简化表示(DCRR)，其包含氨基酸骨架(N, CA, C', O)和侧链(CB及以后)的中心坐标而非原子坐标。该项目的另一目标是开发用于简化表示的可视化界面。该界面在MATLAB中实现，并显示蛋白质的DCRR及其分子间与分子内相互作用。在视觉上，DCRR比AAR更易于理解。我们还开发了一个称为Protein DCRR Web Server的网络服务器，用户可输入PDB id或上传建模蛋白质以获取该蛋白质的DCRR。该网络服务器的后端是一个数据库，其中包含PDB中所有X射线晶体结构的简化表示。
引用
@article{arxiv.1602.08117,
title = {Visualization of Protein 3D Structures in Reduced Representation with Simultaneous Display of Intra- and Inter-Molecular Interactions},
author = {Vrunda Sheth and Vicente M. Reyes},
journal= {arXiv preprint arXiv:1602.08117},
year = {2016}
}
备注
72 pages, 24 figures, 2 tables