MENSADB：膜蛋白二聚体的详尽结构分析
生物大分子
2019-02-07 v1
摘要
膜蛋白（MPs）约占人类蛋白质组的 15-39%，并在包括分子转运、营养摄取、毒素与废物清除、呼吸及信号传导在内的众多细胞和生理机制中起关键作用。尽管约 60% 的 FDA 批准药物以膜蛋白为靶点，但其结构与生化数据匮乏，主要受制于它们定位于脂质双分子层中。我们在此提出膜蛋白二聚体新结构分析数据库（MENSAdb），一个实时网络应用，揭示关于膜蛋白表面及其界面区域的广泛基本特征。具体而言，我们给出保守性、四种不同的可及溶剂面积（ASA）描述符、平均及环境特异性 B 因子、2.5 和 4.0 埃距离截断下的分子间接触、盐桥、氢键、疏水作用、pi-pi 相互作用、t-堆积和阳离子-pi 相互作用。此外，用户可仔细考察三类不同残基间的值差异：i) 非表面，ii) 表面非界面，以及 iii) 界面。该数据库可免费访问于 www.moreiralab.com/resources/mensadb。
引用
@article{arxiv.1902.02321,
title = {MENSADB: A Thorough Structural Analysis of Membrane Protein Dimers},
author = {Pedro Matos-Filipe and António J. Preto and Panagiotis I. Koukos and Joana Mourão and Alexandre M. J. J. Bonvin and Irina S. Moreira},
journal= {arXiv preprint arXiv:1902.02321},
year = {2019}
}