Pathogen.jl：基于 Julia 的传染病传播网络建模
应用统计
2021-08-27 v3
摘要
我们介绍 Pathogen.jl，用于在连续时间内对传染病传播的传输网络个体水平模型（TN-ILM）进行模拟与推断。TN-ILM 可通过马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）在贝叶斯框架下联合推断传播网络、事件时间与模型参数。我们详述了针对 TN-ILM 实施 MCMC 的具体策略，以及我们在 Julia 语言包 Pathogen.jl 中对这些策略的实现，该实现利用了 Julia 语言的关键特性。我们提供了一个使用 Pathogen.jl 按照易感-感染-移除（SIR）TN-ILM 模拟疫情、并随后利用该疫情生成的观测数据进行推断的示例。我们还通过将 TN-ILM 应用于 1861 年发生于德国 Hagelloch 的麻疹暴发数据（Pfeilsticker 1863; Oesterle 1992），展示了 Pathogen.jl 的功能。
引用
@article{arxiv.2002.05850,
title = {Pathogen.jl: Infectious Disease Transmission Network Modelling with Julia},
author = {Justin Angevaare and Zeny Feng and Rob Deardon},
journal= {arXiv preprint arXiv:2002.05850},
year = {2021}
}