传染病连续时间个体水平模型：R 包 EpiILMCT
应用统计
2021-08-17 v1 统计计算
摘要
本文描述了 R 包 EpiILMCT，它允许用户使用连续时间个体水平模型（ILMs）研究传染病的传播。该包提供了基于空间人口统计、接触网络或两者结合的连续时间 ILMs 的模拟工具，以及疫情的图形化汇总工具。模型拟合在贝叶斯马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）框架内进行。连续时间 ILMs 可在易感-感染-移除（SIR）或易感-感染-通知-移除（SINR）隔室框架内实现。由于传染病数据常为部分观测，数据不确定性表现为缺失感染时间——以及某些情况下的缺失移除时间——通过数据增强技术加以处理。该包使用模拟数据和一组关于番茄斑萎病毒（TSWV）病传播的实验数据进行了说明。
引用
@article{arxiv.2006.00135,
title = {Continuous Time Individual-Level Models of Infectious Disease: a Package EpiILMCT},
author = {Waleed Almutiry and Vineetha Warriyar K and Rob Deardon},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.00135},
year = {2021}
}