PAMAM6 树枝状大分子与 DNA：小角 X 射线散射揭示的 pH 依赖性“串珠”行为

DNA 与聚阳离子的相互作用不仅对我们理解染色质凝聚至关重要，也对表征参与转录、复制和修复的 DNA 结合蛋白具有重要意义。已知 DNA 可形成多种类型的液晶相，这取决于聚阳离子结构和电荷密度等因素。理论研究和模拟预测了 DNA 会缠绕在球形带正电的聚阳离子周围。作为组蛋白八聚体或其他 DNA 缠绕蛋白的潜在模拟物，我们选择第六代聚酰胺-胺 (PAMAM6) 树枝状大分子进行研究。利用小角 X 射线散射 (SAXS) 研究了 PAMAM6 诱导的 DNA 自组装，以揭示组装体结构对环境 pH 值和树枝状大分子浓度的依赖性。我们证明，在 pH 8.5 条件下会形成致密相，其特征为二维柱状六方晶格，且随着树枝状大分子浓度（电荷比 N/P）的增加，该晶格转变为三维六方晶格。此外，对 pH 8.5 和 5.5 条件下稀释样品散射数据的系统分析，使我们提出了在 pH 5.5 时 DNA 缠绕 PAMAM6 的情景。