基于本体的冠状病毒、宿主及宿主-冠状病毒相互作用的系统分类与分析以深化对 COVID-19 的理解
其他定量生物学
2020-06-02 v1
摘要
鉴于当前全球性的 COVID-19 大流行，系统研究宿主与冠状病毒（包括 SARS-Cov、MERS-Cov 和 SARS-CoV-2（COVID-19 的致病源））之间的相互作用至关重要。我们首先创建了四条宿主-病原体相互作用（HPI）-结果公设，并生成了 HPI-结果模型作为理解宿主-冠状病毒相互作用（HCI）及其与疾病结果关系的基础。我们假设本体可用作分类和分析 HCI 及疾病结果的集成平台。据此，我们使用本体对不同的冠状病毒、宿主和表型进行注释与分类，并识别其关系。各种 COVID-19 表型被假设为由后端 HCI 机制引起。为进一步识别因果性 HCI-结果关系，我们收集了 35 个实验验证的 HCI 蛋白-蛋白相互作用（PPIs），并应用文献挖掘识别响应冠状病毒感染的额外宿主 PPIs。结果以逻辑本体表示形式表述，用于集成性 HCI-结果理解。以已知 PPIs 为诱饵，我们还开发并应用了一种域推断预测方法预测新的 PPIs，并识别其在多个器官上的病理靶点。总体而言，我们提出的基于本体的集成框架结合计算预测，可用于支持对人类患者与冠状病毒（包括 SARS-CoV-2）之间复杂相互作用及其与各种疾病结果关联的基础性理解。
引用
@article{arxiv.2006.00639,
title = {Ontology-based systematic classification and analysis of coronaviruses, hosts, and host-coronavirus interactions towards deep understanding of COVID-19},
author = {Hong Yu and Li Li and Hsin-hui Huang and Yang Wang and Yingtong Liu and Edison Ong and Anthony Huffman and Tao Zeng and Jingsong Zhang and Pengpai Li and Zhiping Liu and Xiangyan Zhang and Xianwei Ye and Samuel K. Handelman and Gerry Higgins and Gilbert S. Omenn and Brian Athey and Junguk Hur and Luonan Chen and Yongqun He},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.00639},
year = {2020}
}
备注
32 pages, 1 table, 6 figures