探索SARS-CoV-2病毒-宿主-药物互作组以进行药物重定位
分子网络
2020-07-15 v1
摘要
2019冠状病毒病（COVID-19）是由SARS-CoV-2病毒引起的传染病。它首次在中国武汉被发现，此后蔓延造成全球大流行。已开展多项研究以理解病毒感染的分子机制从而预测药物重定位候选。然而，此类信息分散于众多出版物中，访问、整合、探索和开发利用极为耗时。我们开发了CoVex，首个用于SARS-CoV-2和SARS-CoV-1宿主互作组探索及药物（靶点）识别的交互式在线平台。CoVex整合了1）实验验证的病毒-人类蛋白相互作用，2）人类蛋白-蛋白相互作用，以及3）药物-靶点相互作用。该网页界面允许用户友好地可视化探索病毒-宿主互作组，并实现了基于网络的系统医学算法以预测药物。因此，CoVex是一项重要资源，不仅可用于理解SARS-CoV-2和SARS-CoV-1致病性涉及的分子机制，也可用于候选治疗药物的识别与优先排序的临床研究。我们应用CoVex在系统生物学层面研究近期假说，并系统探索驱动病毒生命周期的分子机制。此外，我们提取并讨论了参与这些机制的药物重定位候选。CoVex通过让科学界直接访问整合病毒-宿主-药物相互作用的网络医学算法，使COVID-19药物研究具备系统医学条件。其地址为 https://exbio.wzw.tum.de/covex/。
引用
@article{arxiv.2004.12420,
title = {Exploring the SARS-CoV-2 virus-host-drug interactome for drug repurposing},
author = {Sepideh Sadegh and Julian Matschinske and David B. Blumenthal and Gihanna Galindez and Tim Kacprowski and Markus List and Reza Nasirigerdeh and Mhaned Oubounyt and Andreas Pichlmair and Tim Daniel Rose and Marisol Salgado-Albarrán and Julian Späth and Alexey Stukalov and Nina K. Wenke and Kevin Yuan and Josch K. Pauling and Jan Baumbach},
journal= {arXiv preprint arXiv:2004.12420},
year = {2020}
}
备注
15 pages, 4 figures