论真核蛋白质组中的未知蛋白质
基因组学
2022-09-23 v1
摘要
为大规模研究未知蛋白质，我们针对三大主要真核谱系建立了一个参考系统，其由 36 个分类上尽可能多样的蛋白质组构建而成。随后分析了来自 362 个真核蛋白质组、在该集合中无已知同源物的蛋白质，值得注意地聚焦于单例（singletons），即在其自身蛋白质组中无已知同源物的未知蛋白质。一致地，根据 Uniprot，对给定物种，如此发现的单例中至多 12% 在蛋白质水平已知。此外，由于它们依赖同源序列比对中的信息，AlphaFold2 对其三维结构的预测通常较差。在后生动物物种的情形中，单例数量似乎随距参考系统的进化距离增加而上升。有趣的是，在绿色植物与真菌的情形中未发现此类趋势，仿佛单例添加至蛋白质组的时间尺度在后生动物与其他真核界中不同。为确认此现象，仍需对更接近参考系统蛋白质组的进一步研究。
引用
@article{arxiv.2209.11001,
title = {On the unknown proteins of eukaryotic proteomes},
author = {Yves-Henri Sanejouand},
journal= {arXiv preprint arXiv:2209.11001},
year = {2022}
}
备注
11 pages, 5 figures