支原体科中神秘的孤儿蛋白
基因组学
2015-08-26 v1
摘要
背景：蛋白质序列的长度在很大程度上由其功能决定，即每个功能群都与一个最优大小相关。然而，比较基因组学揭示，蛋白质长度可能受到其他因素的影响。2002年的研究表明，在细菌大肠杆菌和古菌 Archaeoglobus fulgidus 中，无同源物的蛋白质序列平均比有同源物的序列更短。目前大多数专家认同，在细菌和古菌基因组中，有同源物与无同源物的蛋白质序列的长度分布存在显著差异。在本研究中，我们通过对所有已注释的原核生物基因组进行全面分析并关注某些例外情况来检验这一假设。结果：我们比较了目前所有已完全测序并注释的原核生物基因组中有同源物蛋白质和无同源物蛋白质（孤儿蛋白或 ORFans）的长度分布。正如预期的那样，在几乎所有基因组中，HHPs 和 ORFans 具有截然不同的长度分布。正如先前所确立的，HHPs 的平均长度确实长于 ORFans，且 ORFans 的长度分布具有相对较窄的峰值，而 HHPs 的长度则分布在更宽的数值范围内。然而，约有三十个基因组不符合这些规律。几乎所有支原体属和脲原体属的基因组都具有非典型的 ORFans 分布，其 ORFans 的平均长度大于 HHPs 的平均长度。这些属构成了超过 80% 的非典型基因组。结论：我们在一个普遍存在的基因组集合上证实了先前关于 HHPs 和 ORFans 具有不同基因长度分布的观察结果。我们还表明支原体科基因组具有独特的 ORFans 长度分布。我们提供了对这一现象的几种可能的生物学解释。
引用
@article{arxiv.1508.05991,
title = {The mysterious orphans of Mycoplasmataceae},
author = {Tatiana V. Tatarinova and Inna Lysnyansky and Yuri V. Nikolsky and Alexander Bolshoy},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.05991},
year = {2015}
}