灌注生物软组织的多室多孔弹性模型:在 FEniCSx 中的实现
组织与器官
2023-06-09 v2 计算物理
摘要
软生物组织表现出强烈的时变与应变率力学行为,这源于其固有的粘弹性与流-固相互作用(尤其在足够大的时间尺度上)。软组织的时变力学性质影响其生理功能,并与若干病理过程相关。多孔弹性建模代表一种有前景的方法,因为它允许整合多尺度/多物理场数据以在更小尺度探究生物学相关现象,并在更大尺度嵌入相关机制。然而,多相流多孔弹性模型的实现是一项复杂工作,需要广博知识。开源软件 FEniCSx 项目为通过有限元方法自动求解偏微分方程提供了新工具。本文旨在提供在 FEniCSx 中建模多孔弹性混合公式所需的工具,从理论到实现。研究了若干基准案例。受限压缩条件下的柱体与 Terzaghi 解析解进行比较,使用 L2 范数。提出了多孔超弹性的实现。双室柱体与已发表结果(Cast3m 实现)进行比较。所有案例均获得基于归一化均方根误差(RMSE)的准确结果。此外,发现 FEniCSx 计算比旧版 FEniCS 快三倍。并行计算的优势也得到凸显。
引用
@article{arxiv.2301.11256,
title = {Multi-compartment poroelastic models of perfused biological soft tissues: implementation in FEniCSx},
author = {Thomas Lavigne and Stéphane Urcun and Pierre-Yves Rohan and Giuseppe Sciumè and Davide Baroli and Stéphane P. A. Bordas},
journal= {arXiv preprint arXiv:2301.11256},
year = {2023}
}
备注
https://github.com/Th0masLavigne/Dolfinx_Porous_Media.git