G 蛋白偶联受体中热波动的建模
定量方法
2009-11-11 v3 其他凝聚态物理
其他定量生物学
摘要
我们模拟一种由 G 蛋白偶联受体(GPCR)实现的器件的电学性质，该受体嵌入其膜中并与两金属电极接触，外电压经此施加。为此，我们近期提出基于粗粒化描述的模型，将蛋白描述为基本阻抗的网络。网络由氨基酸 C-alpha 原子位置知识构建，其代表网络节点。因基本阻抗取决于节点间距离，配体捕获引发的受体构象变化导致网络阻抗变化。另一方面，热运动所致原子位置波动意味着阻抗噪声，其水平对 GPCR 电学检测配体捕获至关重要。此处我们特别通过计算研究视紫红质分子内原子位置热波动所致阻抗噪声以探讨此问题。模型中 C-alpha 原子视为独立、各向同性谐振子，振幅取决于温度与蛋白内位置（α-螺旋或环）。随后计算不同温度下阻抗的相对波动。
引用
@article{arxiv.q-bio/0505022,
title = {Modelization of Thermal Fluctuations in G Protein-Coupled Receptors},
author = {C. Pennetta and V. Akimov and E. Alfinito and L. Reggiani and G. Gomila and G. Ferrari and L. Fumagalli and M. Sampietro},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0505022},
year = {2009}
}
备注
5 pages, 2 figures, Proceeding of the 18-th International Conference on Fluctuations and Noise, 19-23 September 2005, Salamanca, Spain -minor proofreadings-